La creación de la parroquia del Fuerte de Andalgalá de acuerdo a los investigadores e historiadores dataría de 1842 aún cuando no existe documentación al respecto. Sin embargo una comisión de visita realizada el 11 de febrero de 1848, integrada por el prebístero Pedro Centeno y Pedro Oviedo sugiere que la“Nueva Parroquia del Fuerte”estaría funcionando como tal desde la fecha antes mencionada. Los libros sacramentales que comienzan a registrarse desde el año 1806 en tanto, dan testimonio de la presencia católica evangélica en Andalgalá.
Documentalmente se establece el nombre del primer párroco titular, el prebístero Manuel Saenz, que ejerció tal mandato entre los años 1842 hasta 1857, con 15 años de labor pastoral en la parroquia. También está documentado que el patronazgo de San Francisco de Asís y como vice patronazgo la Virgen del Carmen, tiene vigencia desde la fecha mencionada. Durante la gestión del párroco Manuel Vargas Agüirre se inauguró el templo parroquial de estilo gótico aún sin terminar durante el año 1918. El cura párroco Arturo Figueroa concluyó la obra de edificación de la torre y colocación del reloj público durante su gestión entre los años 1948 y 1963. En la administración del curato por el prebístero Alberto Miranda, se realizaron tareas de refacción general, colocación de vidrios en ventanales y pintura interior en dos oportunidades en el recinto sagrado. También durante la gestión del padre Jorge Lozano se registró la renovación total del techo del templo, con un modelo clásico de estilo gótico. El cura párroco Marcelino Ocampo en tanto inició la gestión de ampliación del templo parroquial incorporando el viejo y sólido edificio anterior, construido entre los años 1860 y 1870.
El presupuesto de la obra de ampliación, refacción y terminación del templo que incluye materiales de construcción y mano de obra presentado por la empresa Brauckmann y Gildeza, asciende a $309.037. La ex comisión pro-templo dispone de la suma de $6.028,31.
