Las fuentes galas consideran que el marroquí-francés, planeaba un atentado, posiblemente con el secuestro de un avión, pero no participó directamente de la conspiración del 11 de septiembre, como afirma la acusación del juicio en curso en Alexandria, Virginia, a pocos kilómetros de Washington.
Para los agentes, Moussaoui realizó varios viajes a Afganistán a fines de los años ´90 para reunirse con dirigentes de primera línea de la red Al Qaeda, de Osama Ben Laden, o participar en adiestramientos a terroristas en Kandahar y Jalalabad.