El juicio, motorizado por el Poder Ejecutivo Nacional (PEN), a cargo del radical Raúl Ricardo Alfonsín, absolvió a priori, al no ser incluidos en el proceso, a los integrantes de la última de las juntas militares, uno de cuyos integrantes, el comandante del Ejército, Cristino Nicolaides, fue según las informaciones de la época, el responsable de la eliminación de la documentación vinculada con el secuestro y asesinato de miles de personas a lo largo de casi ocho años.
Del mismo modo, al dejar de lado un tratamiento global y centrarse en la probanza de hechos particulares, evitaron toda condena algunos de los jefes involucrados en similares delitos como el general Leopoldo Fortunato Galtieri, el almirante Juan Carlos Anaya, el brigadier Omar Graffigna y el brigadier Basilio Lami Dozo.
En definitiva los únicos sancionados fueron los generales Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola, los almirantes Emilio Eduardo Massera y Armando Lambruschini, y el brigadier Orlando Ramón Agosti, de decir, los tres integrantes de la primera de las juntas y dos de la segunda.( Télam).
